Una de las decenas de parroquias de la Ribeira Sacra que quedó sumergida por las aguas de Miño al construirse los embalses fue la de San Xoán da Cova. Su iglesia románica, igual que la vecina de Chouzán, fue trasladada al emplazamiento actual por el arquitecto Pons Sorolla.
La iglesia románica de San Xoán da Cova perteneció a un antiguo monasterio del que se tienen noticias desde el siglo X. En sus inicios fue monasterio dúplice, pero cuando el Papa Pascual II suprimió la duplicidad pasó a ser femenino.
El templo que vemos hoy tiene cambios que se hicieron tras su traslado. La obra original se inició a comienzos del siglo XIII (1225-1235). La iglesia conserva una sola nave con ábside semicircular, y combina en la construcción el granito y el esquisto. El edificio presenta una decoración geométrica y vegetal, con motivos de origen mateano que nos llegan de la portada sur de la Catedral de Ourense y que se repiten en la iglesia de Santo Estevo de Atán, en la otra orilla en el municipio lucense de Pantón.
La fachada principal se halla construida en granito. Fue modificada cuando se colocó la espadaña, ya en época moderna. El tímpano es monolítico y puede leerse una inscripción.
En el lateral norte se abre otra puerta con decoración similar a la principal. En el segundo tramo de la nave en el exterior se encuentra el sepulcro de una religiosa.